Hospodaření Fondu se řídí rozpočtem, který na návrh vlády schvaluje Poslanecká sněmovna Parlamentu ČR. Finanční prostředky Fondu se shromažďují na samostatném bankovním účtu. Příjmy i výdaje Fondu se řídí zákonem, jímž byl Fond zřízen, případně zvláštními zákony.
Příjmy Fondu
Příjmy Fondu tvoří především platby za znečišťování nebo poškozování jednotlivých složek životního prostředí (poplatky za vypouštění odpadních vod, odvody za odnětí půdy, poplatky za znečištění ovzduší, poplatky za ukládání odpadů) a s tím spojené splátky poskytnutých půjček a jejich úroků. Součástí příjmů jsou dotace ze státního rozpočtu na úhradu výdajů vynaložených z technické asistence programů Evropské unie na jejich administraci.
Tyto příjmy netvoří součást státního rozpočtu České republiky.
Výdaje
Fond investuje finanční prostředky nejčastěji formou dotace, subvence, půjčky, převzetí závazku a jinými formami podpory. Příjemcem podpory z Fondu je celé spektrum fyzických i právnických osob, vždy v závislosti na daném programu. Jedná se zejména komunální sféru, kraje, města a obce, svazky obcí, ale také subjekty z řad státních, příspěvkových, neziskových organizací, z podnikatelské sféry či fyzické osoby podnikající i nepodnikající.
Podrobné informace o hospodaření Fondu jsou každoročně zveřejňovány ve Zprávách o hospodaření SFŽP ČR.
Resort životního prostředí 